Juan de Jaso Atondo y María Azpilcueta Aznárez son los padres de Javier.
Aquél es natural de la Baja Navarra (hoy Francia), ésta del Baztán.
Juan de Jaso es doctor en Leyes por la Universidad de Bolonia, pertenece al Real Consejo de Navarra, del cual llega a ser Presidente, y en 1472 es nombrado Maestro de Finanzas del Reino.
En 1494, al ser coronados los últimos reyes de Navarra, es Juan de Jaso quien toma juramento de fidelidad a los tres Estados del Reino.
María Azpilcueta desciende por su segundo apellido "Aznárez" de los monarcas pirenaicos. Como Aznárez, también, ha aportado al matrimonio el Castillo de Javier.
Matrimonio de honda Fe, de vida intensa de piedad, "tenía especial empeño - nos cuenta el P. Juan de la Peña, contemporáneo de los parientes próximos al Santo - de criar bien a sus hijos y enseñarles bien en la Ley de Dios, aficionándolos a la virtud, conociendo ser ésta la mejor herencia que les podían dejar" (MX, 25).
Los hermanos de San Francisco Javier son Miguel de Jaso, el mayor y heredero de la familia, que vivirá en el castillo; y Juan, que recibirá el apellido de su madre, Azpilcueta, y que más tarde residirá en Obanos y Tafalla, bajo el nombre de Capitán Azpilcueta. Su carrera son las armas.
Dos hermanas tenía Francisco: Ana de Jaso y Magdalena.
Ana de Jaso casará luego con Diego de Ezpeleta, señor de Beire, y tendrá como nieto al famoso apóstol del Gran Mogol de la India, P. Jerónimo de Ezpeleta.
Magdalena es la mayor de las dos hermanas. Fue dama de honor de Isabel la Católica. Pero, abandonando la Corte, se retiró al convento de Clarisas de Gandía, de donde fue abadesa.
Finalmente, FRANCISCO, el quinto y el benjamín de todos, nacía el 7 de abril de 1506, martes de la Semana Santa.
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